Ten bliski termin intensywnego wzroście miasta stał przejęty działaniami wojennymi.

 7 września 1939 r. do centra wkroczyły oddziały Wehrmachtu. 16 i 17 października 1939 r. niemieckie władze policyjne wykonały pierwszych, masowych aresztowań wśród ludności polskiej, głównie wyobraźni oraz kadry urzędniczej. Stanowili oni inspirowani do Fortu VII, jaki pozostawał się centralnym więzieniem dla Polaków z centrum oraz przestrzeni. Uwięziono łącznie ok. 1200 osób. Spośród nich w czasie 28 X - 6 XII 1939 r. stracono w natłoku Barbarka ok. 500 osób. Do marca 1941 r. wysiedlono z Torunia ok. 5000 Polaków. Również na jesieni 1939 r. Niemcy wywieźli do Jednostek ostania grupę Żydów toruńskich. Innych w centrum Polaków władze niemieckie nakłaniały do wzięcia niemieckiej listy narodowej. Żywioł niemiecki został jeszcze wzmocniony przybyszami z Europy Dalekiej i krajów Rzeszy - ogółem ulokowano w Toruniu do upadku 1944 r. ok. 16 tysięcy Niemców.

Okupacja niemiecka oddała się 1 lutego 1945 r. Ostatniego dnia, na siedzenie przenikających się w toku Bydgoszczy oddziałów niemieckich, wstąpiły do centrum oddziały wojsk radzieckich. Wkrótce też stworzono administrację polską. Jedyną spośród wczesnych decyzji administracyjnych Rządu Tymczasowego wobec Torunia, organizowaną przez PPR, było przejście siedzibie województwa pomorskiego z "inteligenckiego" Torunia do "robotniczej" Bydgoszczy (2 marca 1945). Miasto uzyskało jednak szybko nagrodę za naszą degradację w kolejności administracyjnej kraju. Napływ do Torunia repatriowanych ze wschodu panów z Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie i wcześniejsze działania przyjęte przez małe środowiska kulturalne, sprawiły do rozpoczęcia idei wytworzenia w Toruniu uniwersytetu. Pozostał on zupełnie uprawniony do utrzymania 24 sierpnia 1945 r. przez Prezydium Naszej Rady Narodowej. Pierwszym rektorem Uniwersytetu Mikołaja Kopernika mianowano historyka prof. Ludwika Kolankowskiego. W procesu bliskiej ponad sześćdziesięcioletniej historii szkoła ta wyrosła na jednorazowy spośród najaktualniejszych ośrodków głębokich oraz edukacyjnych w różnicy wszystkiego świata. Studiuje tu właśnie ponad 40 tysięcy studentów, pod względem prac naukowej UMK zajmuje niezwykłe miejsce wśród uniwersytetów polskich. W latach 1967-1973 toruńska uczelnia uzyskała nową bibliotekę, nowoczesne obiekty szkolne i mieszkalne dla uczni i budynek rektoratu w nowo wybudowanym miasteczku uniwersyteckim na Bielanach. Podstawa obecna stanowi do teraz rozbudowywana.